1、中藥最早的起源是人類先天的本能，物競天擇的結果。

地球上的所有動物，在漫長的繁衍進化過程中，為了適應自然環境，不可避免接觸自然界中植物、動物、礦物等物質。有些是對動物有利的，有些是不利的。有利的物質可以幫助動物繁衍生息，不利的物質可以造成種群的傷害甚至滅絕。因此在動物體內就會形成一定的生物信息，來識別有利和有害的物質以幫助種群的繁衍生息。因此，所有自然界的動物都保持有這種先天的本能來適應自然環境。所以好多野生動物從一出生后，對自然界的植物去選擇性的食用。比如食草動物牛羊馬等，吃草的時候是選擇性的去吃，不會見所有的植物都吃。人亦保持了動物的天性，僅僅是人類進化太快，先天的本能逐步退化，更多的表現出社會屬性。

2、在人類生活過程中發現藥物。

2.1、藥食同源的初期階段，我們的祖先在生活和生產實踐活動過程中，由于采食植物和狩獵，不可避免的引起某種藥效反應或中毒現象，從而使人們懂得在尋覓食物時有所辨別和選擇，通過口傳身受，逐漸對一些植物、動物、礦物有了經驗的積累。

2.2、有意識尋找藥物（有目的的實踐），通過上述經驗的積累，人們有某地的尋找一些藥物，用于疾病的治療和預防，這就出現了“神農嘗百草一日遇七十毒”的說法。

2.3、通過動物自身用藥的啟發而發現藥物。比如車前草治療熱淋血尿傳說起于西漢。據說大將馬武帶兵出征，恰逢久旱之暑天，人、馬多患尿頻尿痛尿血之疾，唯獨馬武所騎馬匹沒有此癥狀，馬武觀察他的馬匹發現，是食用了路標的一種草“車前草”，于是命令所有的士兵，采集車前草服用，士兵的尿血癥狀得以緩解。從此車前草作為治療血淋尿血用于臨床于至今。